Τα θέματα των Μεταπτυχιακών Διπλωματικών Εργασιών (ΜΔΕ) δίνονται, στην αρχή του Β΄ εξαμήνου, από ένα ευρύ φάσμα θεμάτων που αφορούν τα μαθήματα του ΠΜΣ και δίνεται η δυνατότητα των φοιτητών να επιλέξουν το θέμα που τους ενδιαφέρει και μαζί, τον Επιβλέποντα Καθηγητή (ΕΚ) που έχει ορίσει το θέμα. Η ΜΔΕ εκπονείται κατά το Β΄και Γ΄εξάμηνα του ΠΜΣ μαζί με την Εργαστηριακή Άσκηση. Η ΜΔΕ λαμβάνει συνολικά τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες (15 ανά εξάμηνο) και διαρκεί ένα ακαδημαϊκό έτος. Οι διπλωματικές εργασίες εξετάζονται από δύο μέλη της ΣΕ και τον ΕΚ στο τέλος του Γ’ εξαμήνου (χειμερινό εξ.) ή στο τέλος του εαρινού εξαμήνου σε περίπτωση παράτασης του χρόνου εκπόνησης. Η δυνατότητα παράτασης εξετάζεται μετά από αίτηση του ενδιαφερόμενου την οποία υπογράφει και ο επιβλέπων καθηγητής.